来自一个神社的少女日暮戈薇，是最普通的初三学生。15岁生日那天由家中的井时间旅行到了500年前的战国时代，在那里和被封印的半妖——犬夜叉相遇了。犬夜叉，据他说是为了得到能够实现一切野心的妖力而想要得到四魂之玉成为完全的妖怪。但是，什么都不知道的戈薇，解开了犬夜叉的封印。接着，戈薇射出的箭命中了四魂之玉，四魂之玉变成碎片飞散了。
  即使只是碎片也拥有很强的妖力的四魂之玉，不可以落到邪恶的妖怪们手中。最初戈薇受不了粗暴任性的犬夜叉，但是在了解犬夜叉从不将弱者置之不顾的性格后，慢慢对犬夜叉产生了好感。不久，小狐妖七宝、不良法师弥勒、妖怪退治师珊瑚和其同伴云母也加入了，犬夜叉他们为了四魂之玉碎片和成群的妖怪们战斗的旅程开始了。